本祠溯源於前清雍正七年 (公元一七二九年)新莊天后宮(媽祖宮)落成，偏殿配祀「文昌公」神像供信徒參拜，至嘉慶十八年(公元一八一三年)冬由艋舺縣丞曹汝霖捐俸倡議，始獨立建祠，並成為義墊。原址在慈祐宮後殿右邊，光緒元年(公元一八七五年)當時艋舺縣丞漙端銓及仕紳陳式璋等鑑于原址作為義墊，面積過小，仍將「文昌祠」遷建於大嵙崁溪畔現址，與後面義墊為鄰，光緒十一年(西元一八八五年)本祠暫用為與直公學校，至一八九八年為止，後仍維持義墊功能進行漢大補習教育，至日據時代而終止。故本祠不但歷史悠久，建祠已歷壹佰捌拾餘年，更為新莊從前清迄今文風鼎盛之具體衷徵。至今仍保有古廟風貌，為台北地區文昌祠中，規模最大者，現為為內政部核定之國家三級古蹟。
本祠之建築為標準的三合院式空間格局，前為三川殿，後為拜殿及正殿，兩旁為廊，中為內埕。其外有外埕及山門。祠之左側正籌建文物館壹座，為將來舉辦學術講座或文展示之處所。
本祠主奉文昌帝君，配侍左右侍從神天聾，地啞，祠之左廳祀魁星夫子，右廳祀歷代聖賢神位。帝君亦稱「梓潼帝君」，生前博學多才，廣博儒教道理。所博之書如「陰騭文」「感應篇」「勸孝文」「孝經解」等，皆有裨於聖人教化，不失聖人之旨。道家亦謂帝君掌文昌府事及人間祿籍，古今讀書人尊而祀之。
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